Jawa Timur telah dihuni manusia sejak zaman prasejarah. Hal ini dapat dibuktikan dengan ditemukannya sisa-sisa dari fosil Pithecantrhropus mojokertensis di Kepuhlagen-Mojokerto, Pithecanthropus erectus di Trinil-Ngawi, dan Homo wajakensis di Wajak-Tulungagung. Adalah Eugène Dubois atau Marie Eugène Francois Thomas Dubois (28 Januari 1858 - 16 Desember 1940) yang berhasil menemukan beberapa bukti dari jaman prasejarah yang pernah hidup di Jawa Timur.
Eugène Dubois adalah seorang berkebangsaan Belanda dan yang sebelumnya telah terkenal karena penemuannya atas sisa-sisa spesimen hominid yang berada di luar Eropa. Penemuan yang lain berlanjut di Pulau Jawa pada tahun 1891, yang kemudian dinamai Pithecanthropus erectus.
Eugène Dubois menemukan fosil sebuah tengkorak di Trinil pada tahun 1891. Nama Pithecanthropus erectus sendiri berasal dari akar bahasa Yunani dan latin yang memiliki arti manusia-kera yang dapat berdiri.
Ketika itu, Eugene Dubois tidak berhasil mengumpulkan fosil Pithecanthropus secara utuh melainkan hanya tempurung tengkorak, tulang paha atas dan tiga giginya saja. Dan sampai saat ini, belum ditemukan bukti yang jelas bahwa ketiga tulang tersebut berasal dari spesies yang sama.
Fosil yang lebih lengkap kemudian ditemukan di desa Sangiran, Jawa Tengah, sekitar 18km ke Utara dari kota Solo. Fosil ini berupa tempurung tengkorak manusia ini ditemukan oleh Gustav Heinrich Ralph von Koenigswald, seorang ahli paleontologi dari Berlin, pada tahun 1936. Selain fosil, banyak pula penemuan-penemuan lain di situs Sangiran ini.